分辨率：这是双向电泳的关键指标之一，通常能够分离出数千种甚至上万种蛋白质。高分辨率可使不同分子量和等电点的蛋白质在凝胶上得到清晰分离，一般可达到能区分分子量相差 1kDa 或等电点相差 0.1 个单位的蛋白质。 蛋白质上样量：一般上样量在微克到毫克级别，根据实验目的和凝胶大小不同有所差异。微量制备型双向电泳上样量可能在 10 - 100μg，而大规模制备型可达到毫克级别，以满足后续分析和鉴定的需要。 凝胶尺寸：常见的凝胶尺寸有 11cm×11cm、18cm×18cm 等，不同尺寸的凝胶适用于不同的实验需求。较大尺寸的凝胶可容纳更多的蛋白质样品，提高分辨率，但操作难度和实验成本也相应增加。 等电聚焦范围：通常涵盖较宽的 pH 范围，如 pH 3 - 10 或更窄的特定 pH 区间，如 pH 4 - 7、pH 6 - 9 等，以满足不同性质蛋白质的分离需求。通过选择合适的 pH 范围，可以提高目标蛋白质的分离效果。 分子量分离范围：一般可分离分子量在 10 - 200kDa 的蛋白质，但具体范围也取决于所使用的凝胶类型和电泳条件。对于高分子量或低分子量的蛋白质，可能需要特殊的凝胶配方和电泳参数来实现有效分离。

蛋白质分离：能够根据蛋白质的等电点和分子量两个特性，将复杂的蛋白质混合物在二维平面上进行分离，形成蛋白质图谱。这有助于研究蛋白质的表达水平、翻译后修饰、蛋白质 - 蛋白质相互作用等。 差异蛋白质分析：通过比较不同样品（如正常组织与病变组织、不同发育阶段的样品等）的双向电泳图谱，能够发现差异表达的蛋白质，为疾病诊断、药物研发、生物过程研究等提供重要线索。 蛋白质鉴定：分离后的蛋白质点可以通过质谱等技术进行鉴定，确定蛋白质的种类和序列信息，从而深入了解蛋白质的功能和参与的生物途径。 蛋白质组学研究：是蛋白质组学研究的核心技术之一，为全面分析细胞、组织或生物体中的蛋白质组成和变化提供了有力手段，有助于揭示复杂生物系统的分子机制。